Satoshi thức dậy muộn vào một buổi sáng sau khi đồng hồ báo thức bị hỏng trong giấc ngủ. Cuối cùng cậu ta cũng đến được phòng thí nghiệm của Giáo sư Yukinari Ohkido, nhưng được thông báo rằng ba Pokémon khởi đầu (Fushigidane, Zenigame, và Hitokage) đã được các Nhà huấn luyện đến đúng giờ nhận. Tuy nhiên, Ohkido tiết lộ rằng ông còn một Pokémon nữa, hệ Điện có tên là Pikachu. Bất chấp tính cách hay thay đổi và nóng nảy, cũng như việc nó từ chối vào bên trong bóng chứa Poké, Satoshi vẫn vui vẻ nhận Pikachu vào cuộc hành trình của mình.

Bên ngoài Thị trấn Masara, Satoshi gặp một Poppo. Khi Pikachu từ chối chiến đấu, Satoshi đã ném một tảng đá vào Poppo, nhưng nó lại trúng vào một con Onisuzume khiến nó tức giận và coi Pikachu là thủ phạm. Ngay sau đó, nhiều Onisuzume xuất hiện buộc Satoshi và Pikachu phải chạy trốn. Bị thương và mệt mỏi, Satoshi bảo Pikachu vào trong bóng chứa Poké, nhưng nó lại từ chối. Thay vào đó, Pikachu bảo vệ Satoshi khỏi Spearow bằng cách tung chiêu Điện 100 nghìn Vôn lớn khiến chúng sợ hãi. Khi cơn bão kết thúc, Ho-Oh bay lên trên và rơi xuống một chiếc lông có tên là Lông vũ bảy màu. Satoshi và Pikachu quyết định đi tìm Pokémon huyền thoại.

Sau khi nghe tin Pokémon huyền thoại Entei đang ở gần đó, Satoshi và một số nhà huấn luyện viên khác lao vào rừng để tìm kiếm nó. Satoshi tìm thấy Entei, nhưng cuối cùng phải chiến đấu để giành lấy nó với một nhà huấn luyện khác tên là Makoto và một Giáo sư Pokémon trẻ tuổi đầy tham vọng tên là Souji. Khi Entei trốn thoát, Satoshi và Makoto xảy ra tranh cãi và Souji rời đi, nói với họ rằng họ cần sớm tìm nơi trú ẩn. Khi họ tìm kiếm nơi trú ẩn, Satoshi và Makoto tìm thấy một Hitokage mà họ nhanh chóng biết được nó thuộc về một nhà huấn luyện tàn nhẫn tên là Cross, người đã bỏ nó ra ngoài trời mưa.

Cross từ chối đưa Hitokage trở lại, cho rằng nó yếu ớt, Satoshi và Makoto buộc phải kiếm nơi trú ẩn cho nó. Họ đi qua một hang động nơi Souji tình cờ đến và giúp Hitokage hồi phục sức khỏe. Souji tiết lộ rằng Ho-Oh chỉ trao Lông vũ bảy màu cho "anh hùng cầu vồng", người được xác định chiến đấu cùng nó, khi một Pokémon bóng tối tên là Marshadow theo dõi. Sáng hôm sau, Satoshi thuyết phục Hitokage tham gia cùng họ. Cả nhóm đi theo Lông vũ bảy màu, hướng dẫn họ đến Dãy núi Tensei, để gặp Ho-Oh. Hitokage tiến hóa thành Lizardo. Makoto nhìn thấy Suicune ở một hồ nước gần đó. Cross trở lại và thách thức Lizardo của Satoshi bằng Gaogaen của anh ta. Lizardo bị đánh bại một cách dã man, khiến Satoshi rất đau buồn.

Thất vọng sau trận thua của mình, Satoshi công khai thừa nhận rằng cậu có thể đã thắng với Pikachu và sau đó nói rằng cậu ước rằng mình có Fushigidane hoặc Zenigame. Một mình trong rừng, Marshadow đặt Satoshi vào trạng thái như đang ngủ trong khi Lông vũ bảy màu chuyển sang bóng tối. Satoshi đã có một ước mơ là không có Pokémon nào tồn tại và cậu học ở trường bình thường cùng với Makoto và Souji. Nhận ra điều gì đó còn thiếu, cậu nhớ Pikachu và thức dậy với bạn bè của mình, và bộ lông đã lấy lại được màu sắc của nó. Họ nhìn thấy Raikou sau khi Satoshi thả Butterfree của mình. Cả nhóm nhận ra họ đang đến gần khi bộ lông bắt đầu phát sáng theo hướng Núi Tensei.

Trên đỉnh núi, cả nhóm đến được một cấu trúc giống như pha lê có tên Đá bảy màu, nhưng bị Cross cản trở, người muốn tự mình chiến đấu với Ho-Oh, họ cũng đã nhìn thấy Ho-Oh nhưng không nhận được bộ lông. Gaogaen của Cross chiến đấu với Lizardo của Satoshi, sau đó nhanh chóng tiến hóa thành Lizardon và đánh bại Gaogaen. Cross, từ chối chấp nhận thua cuộc, nắm lấy cánh và đặt nó trên viên pha lê, nhưng do cậu ta có trái tim ác độc, nó trở nên đen tối, khiến Marshadow, một đặc vụ của Ho-Oh, biến Pokémon địa phương thành ác quỷ và tấn công Satoshi và bạn bè của anh ta. Các nhà huấn luyện viên sau đó chống trả, nhưng bị choáng ngợp bởi mức độ nghiêm trọng của tình hình. Satoshi cuối cùng đã rút một con Pikachu bị suy yếu nghiêm trọng vào bóng chứa Poké của nó khi Pokémon bị tẩy não tấn công Satoshi, và cậu bắt đầu ngất đi khi Marshadow nhận thấy Lông vũ bảy màu đã tan rã. Sự tuyệt vọng và nỗi buồn của Pikachu mạnh đến mức nó phóng ra một đòn Điện 100 nghìn Vôn khổng lồ và tàn khốc đánh vào Marshadow và những Pokémon khác bị tẩy não, giải phóng Pokémon khỏi sự thối nát của Lông vũ bảy màu. Sau cùng, Pikachu tiếp tục khóc bên nhà huấn luyện và người bạn thân nhất của nó.

Satoshi thấy mình ở một chiều không gian thay thế, nhưng được đưa trở lại. Satoshi lấy Lông vũ bảy màu mới hình thành và đặt nó vào cấu trúc tinh thể. Ho-Oh đến, chữa trị cho mọi người và Satoshi và Pikachu thách đấu với Ho-Oh, nhưng kết quả không bao giờ được tiết lộ. Cross để lại những điều tốt đẹp và cuối cùng Makoto và Souji tạm biệt Satoshi để đạt được ước mơ của riêng mình.

Cuối phim, tất cả những người bạn đồng hành của Satoshi từ Kanto đến Kalos đều xuất hiện. Makoto được cho là đang trở về quê hương của cô ấy. Souji và Lucario của cậu ấy, phát hiện ra một Freezer mà anh ấy muốn học. Cross được nhìn thấy đang đi du lịch yên bình với Pokémon của mình. Satoshi và Pikachu đi du lịch một mình trong khi bị Băng Hỏa Tiễn theo đuổi. Bộ phim kết thúc khi Ho-Oh thả một Lông vũ bảy màu bay ngang qua bầu trời.